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科研服务

细菌全基因组从头测序

信息分析内容

序号

分析项目

类别

分析

备注

1

数据整理

A



2

数据质控

A



3

高质量数据获取

A



4

基因组序列拼装与分析

A



5

蛋白编码基因预测

A



6

非编码 RNA 预测

A



7

其他非编码 RNA 预测

A



8

CRISPRs 预测

A



9

原噬菌体预测

B



10

基因岛预测

B


完成图

11

致病菌毒力因子(VFDB)分析

B



12

抗生素抗性(CARD)分析

B



13

碳水化合物活性酶(CAZy)分析

B



14

信号肽预测

B



15

跨膜螺旋预测

B



16

蛋白编码基因的序列比对

A



17

蛋白编码基因的 GO 注释

A



18

蛋白编码基因的 eggNOG 注释

A



19

蛋白编码基因的 KEGG 注释

A



20

蛋白编码基因的 Swiss-Prot 注释

A



21

蛋白编码基因的 TrEMBL 注释

C



22

蛋白编码基因的 Pfam 注释

C



23

蛋白编码基因的 CDD 注释

C



24

蛋白编码基因的 InterProscan 注释

C



25

基因组圈图绘制

B


完成图

26

基因组基本信息比较分析

C


参考基因组数量≥1

27

泛基因组分析

C


参考基因组数量≥10

28

基因家族分析

C


参考基因组数量≥1

29

基于 16s rDNA 的系统发育树重构

C


参考基因组数量≥2

30

基于单拷贝基因的系统发育树重构

C


参考基因组数量≥2

31

基于 Mauve 的全基因组序列比对

C


参考基因组数量≥1

32

基于 MUMmer 的全基因组序列比对

C


参考基因组数量≥1

33

基因组数据上传

C


提供相关数据

 A+B: 完成图标准分析内容;   C: 个性化分析内容。

 




高级信息分析内容示例


 

图 1:Pan-Core 基因稀释曲线

 

图 2 :共线性分析