序号 | 分析项目 | 类别 | 分析 | 备注 |
1 | 数据整理 | A | ||
2 | 数据质控 | A | ||
3 | 数据获取 | A | ||
4 | 基因组序列拼装与分析 | A | ||
5 | 蛋白编码基因预测 | A | ||
6 | 非编码 RNA 预测 | A | ||
7 | 其他非编码 RNA 预测 | A | ||
8 | CRISPRs 预测 | A | ||
9 | 原噬菌体预测 | B | ||
10 | 基因岛预测 | B | 完成图 | |
11 | 致病菌毒力因子（VFDB）分析 | B | ||
12 | 抗生素抗性（CARD）分析 | B | ||
13 | 碳水化合物活性酶（CAZy）分析 | B | ||
14 | 信号肽预测 | B | ||
15 | 跨膜螺旋预测 | B | ||
16 | 蛋白编码基因的序列比对 | A | ||
17 | 蛋白编码基因的 GO 注释 | A | ||
18 | 蛋白编码基因的 eggNOG 注释 | A | ||
19 | 蛋白编码基因的 KEGG 注释 | A | ||
20 | 蛋白编码基因的 Swiss-Prot 注释 | A | ||
21 | 蛋白编码基因的 TrEMBL 注释 | C | ||
22 | 蛋白编码基因的 Pfam 注释 | C | ||
23 | 蛋白编码基因的 CDD 注释 | C | ||
24 | 蛋白编码基因的 InterProscan 注释 | C | ||
25 | 基因组圈图绘制 | B | 完成图 | |
26 | 基因组基本信息比较分析 | C | 参考基因组数量≥1 | |
27 | 泛基因组分析 | C | 参考基因组数量≥10 | |
28 | 基因家族分析 | C | 参考基因组数量≥1 | |
29 | 基于 16s rDNA 的系统发育树重构 | C | 参考基因组数量≥2 | |
30 | 基于单拷贝基因的系统发育树重构 | C | 参考基因组数量≥2 | |
31 | 基于 Mauve 的全基因组序列比对 | C | 参考基因组数量≥1 | |
32 | 基于 MUMmer 的全基因组序列比对 | C | 参考基因组数量≥1 | |
33 | 基因组数据上传 | C | 提供相关数据 |
A+B： 完成图标准分析内容； C： 个性化分析内容。
图 1：Pan-Core 基因稀释曲线
图 2 ：共线性分析
