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科研服务

LncRNA测序

常见问题

  • 哪些物种可以研究lncRNA?

    要做lncRNA分析,对物种有以下要求:

    a. 物种为真核生物;

    b. 物种具有参考基因组;

    c. 具有较为完整的注释。

  • 为什么lncRNA要测链特异性文库?

    测序后的数据分析可确定转录本是来自正义还是反义DNA链。与普通转录组测序相比,它更能准确地统计转录本的数量和确定基因的结构,同时可以发现更多的反义转录本,可以更好地鉴定antisense lncRNA。
  • lncRNA测序,构建文库时为什么要去除rRNA?

    lncRNA中只有lincRNA的3’端带有polyA结构,其他lncRNA没有polyA结构,因此,为了获得更全的lncRNA信息,不建议采用oligo(dT)磁珠富集的方式。

  • 什么是LncRNA测序?

    LncRNA-长链非编码RNA(Long noncoding RNA)是一类长度超过200nt的RNA分子,它们极少具有蛋白编码潜能,并且能够和DNA、RNA及蛋白质结合,以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。LncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNA和mRNA。

  • LncRNA测序分析内容

    LncRNA测序,建库时要求链特异性建库,分析内容包括标准分析内容和高级分析内容,其中标准分析内容包括注释已知LncRNA、预测新发现LncRNA、LncRNA的表达量分析、LncRNA的表达差异分析(样本数≥2)、LncRNA的表达差异基因的聚类分析(热图)(样本数≥3)、基于互补序列的LncRNA-mRNA互作分析、基因上下游的LncRNA分析、miRNA前体预测以及 LncRNA家族预测分类;高级信息分析包括 LncRNA通路分析。

    此外,还可对LncRNA测序数据中的mRNA进行转录组分析。

  • LncRNA测序的必备条件

    必须有参考基因组,并且有LncRNA注释信息:常见的包括人、小鼠、大鼠、猪、牛、兔、斑马鱼、酵母、拟南芥、果蝇、秀丽线虫;拟南芥、玉米、葡萄、金银花、水稻、西红柿、大豆。

  • 派森诺生物LncRNA测序用到哪些试剂?

    1)RNA提取:Trizol Reagent或试剂盒;

    2)核糖体RNA去除:Illumina Ribo-Zero™ Magnetic Gold Kit

    3)文库构建:Illumina TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit

    4)上机测序:Illumina NextSeq™ 500 High Output Kit v2