全转录组即特定细胞或组织在某一功能状态下转录产物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全转录组测序可对同一个样品同时进行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的单独分析，还可进行多种 RNA联合分析以及内源竞争性 RNA 整合分析，分子标记筛选等，探究其潜在的调控网络机制，揭示转录调控问题。主要应用于免疫机制、疾病领域、发育进化、致病机理和药物靶标等方面的研究。
全转录组是转录组测序的解决方案，对一份样品建两个文库，获取 4 种 RNA 的测序结果进行分别分析与联合分析，并对 LncRNA 与 CricRNA 这类具有 microRNA 结合位点的非编码 RNA 进行 ceRNA 分析，深度挖掘基因功能及调控机制，解析 RNA 分子间调控模式。每一组样品建议至少 6 个生物学重复。
