染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP 与二代测序技术相结合的ChIP-Seq 技术，能够检测全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
ChIP-Seq 的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的序列标签定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段信息。
Ilumina HiSeq2000、 Ion Proton
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
2. ChIP-Seq序列与参考基因组序列的比对
3. Peak Calling（统计每个样品的Peak片段信息）
4. Peak Annotation（根据已有的基因组数据库注释信息获得Peak位点信息）
5. Motif预测、基因集分析
6. 全基因组范围的峰值分布
7. 样品间差异Peak分析
8. 基因组水平和感兴趣区域的数据可视化
1.根据实际需求可个性化定制测序及分析方案。
2.严谨的实验流程和检测结果，数据分析结果可信。
3.分析结果的图表参考国际期刊设计，可直接用于文章写作。
4.与转录组等数据进行联合分析，挖掘生物信息资源。
