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SSR / STR微卫星标记验证

微卫星(microsatellite analysis)即短串联重复序列(Short tandem repeat,STR),是由几个碱基对作为单位,串联重复形成的一类DNA序列,由于单位重复数目的变化,构成了STR基因座的遗传多态性。由于其序列简短 , 通过 PCR 很容易从基因组 DNA 中特异性地扩增出来 , 大大简化了微卫星多态性分析的操作。研究者需在目标基因座设计一对或多对引物 , 通过 PCR 反应从模板 DNA 中将该基因扩增出来 , 然后使用测序仪进行电泳分离分析即可。它具有分布广泛,易于检测,信息量大,有高度多态性并遵循孟德尔共显性遗传等优点。目前STR分析已广泛应用于遗传制图、连锁性分析、亲子鉴定、疾病基因定位和物种多态性研究等诸多领域。

 

一 、分型原理

利用荧光标记的PCR引物对多个微卫星多态位点进行扩增,然后采用高分辨率胶电泳(如用于测序的毛细管电泳等)对扩增片断进行分离,通过荧光检测系统(如ABI测序仪)确定扩增片断的长度,实现对微卫星多态位点的分型。

我公司采用ABI 3730测序仪对STR进行DNA片段分析,提供完整解决方案:

  • 实验方案的设计, 包括荧光标记的选择,引物的设计、合成和标记,内标的选用等等;

  • 完成荧光 PCR ,并在测序仪上完成电泳扫描 , 数据采集;

  • 用软件对分型数据进行处理分析 , 提供产物片段大小、数量多少的信息数据; 

  • 我们最终提供微卫星座位PCR产物全自动检测及分型结果。

 

二、 客户提供

1)基因组DNA:至少100 ng 样品(每个多态性位点需样品3-5 ul,浓度为30~50 ng/ul);样品溶解在ddH2O中,如果不是,请注明其成分以及可能残留的抑制剂类型。
2)PCR产物:特异性好。
3)如需设计引物,请提供目的片段序列或者微卫星检测位点,引物设计好后需客户确认

 

三、 实验步骤

客户提供血液样本或DNA样本——确定STR位点,设计合成特异PCR扩增引物(荧光标记引物)——进行PCR扩增,通过测序仪电泳检测,获得扩增片段相关数据——ABI3730XL 测序仪读出扩增片段大小信息。



 

四 、收费标准 

定区域位点的扫描 

普通引物:1.50元/碱基 

引物费用:我们推荐的荧光标记有FAM 、 HEX 、 NED 等,合成费用查询合成报价

PCR费用:20元/样本,包括预实验和检测。

分型费用:如果您已经完成 PCR 扩增,进行电泳分型、数据处理,包含内标价格为 10元 / 样本。不包含内标价格为 8元 / 样本,不足 96 个的按照 96 个收费。