微卫星 (Microsatellite) 又称小串联重复 (Short Tandem Repeats, STRs)(Simple Sequence Repeats, SSR)。在各种真核生物基因组中，分布广且比较均匀。平均每 6 kb 长度中就有 1 个微卫星位点 (Beckmann ＆ Weber， 1992)。但随着每个重复单位碱基长度的增加，微卫星位点的总数减少。具有突变速率快、多态性高等特点。
SSR 分子标记开发是指对多个混合样品的全基因组 DNA 构建基因组文库，利用探针，采用磁珠富集法富集得到SSR 的中间区域及两端的保守序列区域，采用二代高通量测序平台对文库进行序列测定，利用生物信息学的分析方法获得具有多态性的 SSR 序列并设计引物。
◇ 遗传图谱构建 ◇ 种质鉴定 ◇ 遗传多样性分析 ◇ 基因定位 ◇ 数量性状基因座（QTL）分析
测序平台及模式 | Illumina MiSeq, PE250 |
样本选择及数据量 | 1-5 个样，推荐1.0 Gb； 5-10 个样，推荐1.5 Gb； 10-20 个样，推荐2.0 Gb； 备注：不同样本分别提取DNA后等量混合建库 |
DNA样本量 | 总量≥1.0 μg，浓度≥20 ng/μl （总样本） |
项目周期 | 标准分析36天 |
交付指标 | 提供不少于100对引物（经过筛选后具有多态性的） |
参考基因组 | 有参、无参均可 |
