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宏基因组测序

宏基因组测序研究

        宏基因组学(Metagenomics)研究通过全基因组鸟枪法(Whole  Genome Shotgun,WGS)测序策略,将提取获得的微生物组总DNA随机打断为短片段,并构建合适长度的插入片段文库,对这些文库进行双端(Paired-end,PE)高通量测序,从而能精细地展示整个菌群的功能代谢谱和物种精细组成谱,进而在组成和功能水平分别挖掘关键生物

标记物,从原理上阐明微生物群落在生态系统中发挥作用的根本机制。

宏基因组测序项目流程

微生物组总DNA提取→DNA片段化→连接接头序列→纯化、富集DNA片段→测序文库定量→上机进行高通量测序→生信分析

宏基因组测序产品特点

1、直接对群落样本中的基因片段进行测序,真实再现群落复杂而精密的生态功能;

2、样本类型涵盖各类生境,微量提取成功率高;

3、使用Illumina NovaSeq超高通量测序平台,速度更快周期更短;

4、功能+物种,双管齐下;拼接+不拼接,各取所长,实现对物种和功能的“高分辨率”定量;

5、根据样本、数据特征,自动选择分析流程,多种功能注释数据库可选,优化宏基因组功能代谢谱注释;

6、通过多种多变量统计分析和机器学习方法,系统、深入地挖掘宏基因组大数据中差异相关的关键物种和关键功能,识别关键生物标记物。



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