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10xGenomics 单细胞转录组测序

经典案例

题目:Single cell transcriptome profiling of retinal ganglion cells identifies cellular subtypes

期刊:Nature Communications

年份:2018

影响因子:12.353

本文重新定义了视网膜神经节细胞类型并且鉴定了对应的marker基因。

取出生后5天的小鼠左眼和右眼的视网膜,解离成单细胞悬液后进行免疫抗体包被筛选,筛选得到视网膜神经节细胞(retinal ganglion cells,RGCs)

通过聚类分析将6225个RGCs分成了40个亚群,这些RGCs均表达视网膜神经节细胞的marker基因Thy1与前期免疫抗体包被筛选结果一致,整体看这40个cluster的基因表达谱都比较相似,任意簇与簇之间的相关系数均大于0.9。下一步,作者鉴定了各亚群的marker基因,并通过免疫荧光原位杂交验证。

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实验技术路线图

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鉴定神经节细胞亚群

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Cluster基因表达特征分析

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Marker基因鉴定及原位杂交验证