Exploiting single-molecule transcript sequencing for eukaryotic gene prediction
研究背景
基于二代测序平台的转录组测序关注于基因表达量，但由于二代测序的本身读长的限制，阻碍了关于基因结构的深入研究。
研究目的
提供一个新的方法，通过PacBio RS平台对甜菜进行转录组测序，获得全长转录本。98%的full-insert SMRT reads包含完整的开放阅读框（ORF），并进行自动化的开发；将测序结果同二代测序结果进行比较，灵敏度和准确度有大幅提高，也为完善甜菜的基因组提供参考依据。
研究结果
1.1M subreads合并到78,965个环化一致分子（CCS）中，626,871个subreads未做拆分；表明SMRT技术适用于识别基因序列模型，并将结果与二代测序结果比较，证实PacBio RS平台所具有的优势。
图1 转录本长度描述
图2 分析流程描述
图3 基因结构分析
Minoche A. et al. (2015) Exploiting single-molecule transcript sequencing for eukaryotic gene prediction. Genome Biol 16(1): 184
