Genome Biol Evol 2016 IF：4.229
关键词：大肠杆菌；志贺氏菌；表观遗传修饰；大肠杆菌素
研究背景
大肠杆菌是一种革兰氏阴性、短杆状、能运动、无芽胞的兼性厌氧菌，通常定殖于人和动物肠道中。大部分大肠杆菌无致病性，与机体是互利共生的关系；当机体免疫力降低、肠道长期缺乏刺激等情况下，部分大肠杆菌会移居到肠道以外的地方，造成相应部位的感染或全身散播性感染。因此，大肠杆菌通常被看作机会致病菌。大肠杆菌构造简单，遗传背景清晰，培养操作容易，因此常被作为基因工程的对象加以利用。大肠杆菌 MRE600 是一株 RNAse I 活性缺失的菌株， 常被用于 mRNA、tRNA、rRNA 的表达和纯化。本文采用 PacBio 平台获得了 MRE600 的全基因组序列图谱和甲基化图谱。
实验方法
供试样本：大肠杆菌 MRE600 菌株；
文库大小：20,000 bp；
测序试剂： P5-C3；
测序平台：PacBio RS II；
研究结果
采用第三代单分子测序对大肠杆菌 MRE600 进行全基因组从头测序，总共获得 1 条染色体序列（4.83 Mb）和 3 个质粒（89.1 kb、56.9 kb和7.1 kb）。基因组的 G+C 含量为 50.8%，包含 5,181 个基因，其中，蛋白编码基因为 4,913 个，RNA 基因为 268 个，41,469 个碱基发生修饰（0.83%）。
图 1 大肠杆菌MRE600染色体和质粒组装结果：细菌完成图参考文献1中的fig 1.
表 1 大肠杆菌MRE600的表观基因组检测:细菌完成图参考文献中的表3
对 RNAse I 的编码基因 rna 进行分析发现，该基因的第五个密码子为提前终止的密码子，即 MRE600 不能产生全长 RNase I 蛋白，这也解释了 MRE600 的 RNase I 活性丧失的原因。
参考文献
Kurylo CM, et al. Genome Sequence and Analysis of Escherichia coli MRE600, a
Colicinogenic, Nonmotile Strain that Lacks RNase I and the Type I Methyltransferase, EcoKI. Genome Biology and Evolution, 2016, 8 (3): 742-752.
项目经验
物种拉丁名 | 基因组大小(Mb) | GC含量(%) | 派森诺已完成数目 |
Acinetobacter junii | 3.37 | 38.7 | 6 |
Bacillus cereus | 5.64 | 35.2 | 8 |
Bacillus pumilus | 3.72 | 41.4 | 15 |
Bacillus.mycoides | 5.72 | 35.3 | 9 |
Bacillus.sp | 4.89 | 40 | 24 |
citrobacter freundii | 5.26 | 51.6 | 15 |
clostridium tetani | 2.85 | 28.5 | 45 |
enterococcus faecalis | 3.03 | 37.3 | 6 |
lactobacillus crispatus | 2.2 | 36.85 | 9 |
Mycobacterium abscessus | 5.13 | 64.1 | 12 |
Neisseria meningitis A | 2.16 | 51.7 | 9 |
pseudonocardia | 6.55 | 73.48 | 6 |
Staphylococcus aureus | 2.85 | 32.8 | 60 |
stenotrophomonas rhizophila | 4.64 | 668.8 | 15 |
streptococcus suis | 2.07 | 41.2 | 30 |
streptomyces cuspidosporus | 8.2 | 71.9 | 3 |
streptomyces scabies | 9.9 | 71.25 | 39 |
