Input是什么,有什么作用
input是指样本经过超声,但是没有进行ChIP,包含样本超声后总DNA,可以进行电泳,检测超声效果,同时,可以与最后ChIP样本进行比较,看ChIP的效率(如果用同一引物进行PCR,ChIP组和input组亮度差不多,说明ChIP效率高,基本上,样本中所有的目的基因片段都被ChIP下来了,反之,说明效率低,实验条件有待改进)
ChIP-seq测序需要多少数据量?
推荐20M reads /样本的数据量。
文库制备过程是否需要PCR 扩增?PCR 扩增后是否会影响最后的结果?
基于二代测序平台的ChIP-Seq在文库制备过程中需要进行PCR,主要是为了获得足够上机反应的DNA量,如果提供的DNA样品足量,可减少PCR循环数。因此由PCR引起的偏向性小。