分析项目 | 类别 | 分析 | 备注 |
原始数据整理、过滤及质量评估 | A | √ | |
参考基因组注释整理与统计 | A | √ | |
与参考基因组比对 | A | √ | |
Peak Calling | A | √ | |
Peak相关基因GO注释 | A | √ | |
Peak相关基因KEGG注释 | A | √ | |
样品间差异Peak分析 | A | √ | 样品数 > 1 |
差异Peak相关基因GO富集分析 | A | √ | 样品数 > 1 |
差异Peak相关基因KEGG通路富集分析 | A | √ | 样品数＞1 |
Motif分析 | A | √ |
Peak Calling
Peak 的长度与蛋白质结合区域大小紧密相关，是非常重要的信息。Peak 在外显子、内含子、5’ UTR、3’ UTR、基因间区等区域上的分布情况如下：
Peak在功能元件上的分布
Peak相关基因GO注释
将 GO 注释结果对应到 GOTerm 上，并统计第二级分类上注释到目标基因的数目
GO注释图
差异Peak相关基因KEGG富集分析
统计各个KEGG Pathway 不同层级上包含的差异表达基因数目，进而确定差异表达基因主要参与的代谢途径和信号通路。
KEGG富集分析
Motif分析
Motif是一些有特征的短序列，在基因组上常常反复出现，经常是一些具有序列特异性的蛋白的结合位点（如转录因子），或者是涉及到一些重要的生物过程（如转录起始，转录终止， RNA 剪切等等）。
motif示意图
