简述真核转录组常规建库流程
1)通过磁珠和mRNA的polyA结构将mRNA分离出来;
2)mRNA片段化;
3)mRNA反转录为双链结构,第二链cDNA合成时,其中的碱基T,被替换成U,从而达到链特异性文库的目的;
4)5’末端修复、3’末端加A;
5)加接头;
6)选择特异长度回收,一般为300bp;
7)PCR;
8)上机测序。
如何对得到的数目较多的差异基因进行后期验证?
首先根据GO或者KEGG富集结果,或者客户关注的基因,选取有代表性的进行qRT-RCR验证。然后根据RPKM值,选择RPKM值差异倍数答,同时p值小的基因进行qRT-RCR验证。