分析项目 | 类别 | 分析 | 备注 |
原始数据整理、过滤及质量评估 | A | √ | |
与参考基因组序列比对 | A | √ | |
Peak Calling | A | √ | |
基因附近及Peak中心信号分布图 | A | √ | |
Peak邻近基因功能分析 | A | √ | |
差异Peak序列Motif及注释分析 | A | √ | |
差异Peak邻近基因功能分析 | A | √ | |
Overlap基因功能分析 | A | √ |
Peak Calling
使用统计学方法计算出参考基因组上比对上的 Reads 显著富集的区域（称为 Peak），这些区域在不同的实验中表示不同的研究重点，获得 Peak 后，可对 Peak 进行后续的 Peak 序列 Motif 分析、 Peak 注释等分析，进一步挖掘感兴趣的方向。Peak 在外显子、内含子、5’UTR、3’UTR、基因间区等区域上的分布情况如下：
功能性区域Peak分布
Peak序列Motif分析
转录因子往往倾向于结合在特定的 DNA 序列上，这些 DNA 序列通常具有高度相似的核苷酸序列模式，即每个转录因子都有一个目标 DNA 序列的 Motif，公开发表的转录因子数据库中一般记录了转录因子对应的 Motif 信息。对 Peak 序列计算 Motif，在公共数据库中搜索这些 Motif 对应的转录因子，即可得到此种状态下染色质开放区可能结合的转录因子。
Motif分析示意图
Peak邻近基因GO富集分析
统计Peak邻近基因显著富集的GO条目，从而展示可能被转录因子调控的基因功能，对每个Peak邻近基因进行GO注释，得到其所有的GO功能条目。
GO富集柱状图
差异Peak邻近基因Pathway富集分析
统计各个KEGG Pathway上包含的差异Peak邻近基因数目及富集程度，进而确定差异Peak邻近基因主要参与的代谢途径和信号通路。
KEGG富集分析
Overlap基因分析
为了研究转录因子/组蛋白修饰是如何调控下游基因，通常要结合表达数据 RNA-seq 分析，进一步研究转录因子/组蛋白修饰的调控作用，即促进或抑制基因表达。
韦恩图
